もし、大切な記憶が、ある日突然消え去ってしまったら？ かつては繁栄を極めた都市も、今や「記憶病」が蔓延し、人々は過去を忘れ、街は崩壊の危機に瀕していた。そんな世界で、主人公の結衣は、人々の「記憶」を記録し、修繕する「記憶録士」として活動している。彼女の相棒は、冷静沈着な元夢記庁のエリート職員要。そして、ある日出会った、自身の記憶を失った謎の少女シグレ。 彼らは、都市の奥深くに隠された「夢記の書庫」で、都市の記憶の番人であるタツ爺と出会う。タツ爺は、都市の「歪み」の根源が、「管理機構」と、彼らが隠蔽してきた「禁断の記録」にあると告げる。 真実を追う中で、彼らは謎多き「情報編み職」ヨータと出会い、彼を協力者に得て、管理機構の秘密施設へと足を踏み入れる。そこで彼らが目の当たりにしたのは、都市が滅びへと向かった悲劇的な過程と、管理機構が記憶をエネルギー源として利用し、さらに都合の良いように記憶操作を行っていたという、衝撃的な事実だった。 そして、その真実を守るため、彼らの前に立ちはだかるのは、憎悪と悲しみによって変貌した「記憶の狩人」たち。彼らは、かつては人間であり、管理機構の「裏切り」と「記憶炉」が生み出した瘴気によって記憶を歪められた、哀しき存在だった。 ヨータは、その命を賭して「記憶炉」を完全に停止させ、「都市の魂」と呼ばれる最後の希望への道を示す。彼の遺志を継いだ結衣、要、シグレは、記憶の狩人たちとの激しい戦いを乗り越え、都市の記憶に巣食う「歪み」を完全に終わらせるため、未知の最深部へと足を踏み入れる。 彼らが辿り着く「都市の魂」とは一体何なのか？そして、この滅びゆく都市に、再生の道を見出すことはできるのだろうか？