世界を蝕む《月蝕》の災厄——それは、夜空に現れる黒き第二の月と共に現れる「影の獣」の襲来を意味する。
五十年前、世界は一度滅んだ。だが、魔法を禁じ、剣を捨てた人類は、機械と理を信じて再び立ち上がる。

辺境都市の地下から見つかった一人の少年。
彼は名も、記憶も持たない。
ただ、その体に宿るのは、人類を滅ぼしたはずの《旧魔法》の刻印。
少年は“ラグナ”と名付けられ、忌まれながらも育てられるが……
十五年後、再び「黒月」が空を覆う。

滅びの兆しに目覚める、封じられし力と意志。
ラグナは問いかける。
——俺は、本当にこの世界を救うべきなのか？
それとも、滅ぼす側だったのか？