高校生・春風さくらこは、魔法学校の入学式に向かう。そこは、魔女に滅ぼされた数多の世界の記憶が集う《世界樹》の中に築かれた学園、《鳥の巣》。魔法が存在し、少女たちが戦うこの学園で、さくらこは自分に“不思議な力”があることを知る。

彼女の魔法は「他人の魔法を無効化する」異質なもの。剣と、木製の鞘に込められた謎の力を頼りに、戸惑いながらも仲間たちと日々の訓練に挑んでいく。

仲間には、ゴーレム召喚師の姉御肌・マツリ。
天才風魔法使いの少女・アンリ。
そして――この世界に隠された「鍵」をめぐる、過去と未来を超える戦い。

やがてさくらこは、自分がただの“少女”ではなく、“魔女の血縁”の事実に向き合うことになる。

世界を救うために必要なのは「魔法少女」か、「勇者」か。それとも……「ただの私」か？

少女が選ぶのは、滅びの運命か、希望の世界線か。
これは、世界をつなぎなおす“Re:START”の物語――