戦いの女神アテナの元、海王ポセイドン、冥王ハーデスらと激闘を繰り広げたアテナの聖闘士、星矢たち。激しく長い戦いの末に、地上は平和を取り戻した。だが失うものの方が大きかった。 女神アテナを最も近くで護り支えた男、ペガサス星矢はハーデスとの戦いの最終局面で、ドラゴン紫龍、キグナス氷河、アンドロメダ瞬、フェニックス一輝と共にハーデスを撃ち倒すが、その際にハーデスの剣、インビジブルソードの一撃を心臓に受けてしまう。 それはハーデス消滅後も消えることの無い剣で、徐々に星矢の心臓に達し、確実に命を奪う剣だった。星矢の身を案じたアテナ城戸沙織は、ハーデスの剣を消してもらうため、兄である太陽神アポロンの元を訪れる。アポロンに対し、星矢に刺さったハーデスの剣を消して欲しいと乞うが、アポロンはアテナのこれまでの戦いを快く思っておらず、ハーデスの剣を消す代わりにある条件を突き付ける。それは、アテナを神から降格させ、神の記憶を消し一人の人間として生涯を生きることと、星矢、紫龍、氷河、瞬、一輝の5人の聖闘士としての記憶と能力全てを消し、普通の人間に戻すというものだった。 城戸沙織は、少しの間ためらうものの、皆が生きて過ごせるならとその条件を飲む。そうして、女神アテナと、5人の聖闘士たちは、地球上の記憶から消えることとなった。 新たな物語は、この後から始まる。