イレーズ探偵事務所に所属していた江利賀亜嵐、そして明智大学に在籍している鏡真珠は神奈川県警本部長である国馬沙羅によって、「under D」と呼ばれる組織に引き抜かれる。そこは未解決事件等、様々な事案を取り扱う秘密部隊だった。 同じ頃、蛾濠栄美が率いるギャング集団『カポネ』が動き始めていた。その蛾濠栄美と神奈川県警に所属する志紋寿梨はかつての幼馴染だった。 Under Dとカポネ、相容れない二つの組織の全面戦争が今ここに始まろうとしていた。