巨大コンピュータ「テラス」に管理された東京郊外の都市・風代。その完璧と思われたシステムに狂いが見られ始め、悲惨な事故や事件の多発により人心は荒み、市内の治安は悪化していた。やがてテラスに超常の存在が宿っているという噂がまことしやかに囁かれ、「神のプログラムコード」の存在を主張する神曲ゼミナールが暗躍する。噂の真相を探る市内の大学生・慈郎は、大学裏に出現した遺跡の崩壊に巻き込まれたのを境に数々の災難に見舞われる。そんな中、かつての同級生・由憐が現れ、彼に語った。「神は居るよ。この街には神が居る──居ちゃいけない神が」