東京の特別区〈オーリス区〉。 　その中心にそびえる「オーリス教育研究センター」は、国が選び抜いた優秀な子供たちを育成する理想の学び舎――そう信じられていた。 　しかし、内部通称〈PE（Project Elysium）〉と呼ばれるその施設は、裏で国の極秘プロジェクトを担っていて…… 　黒髪と黒い瞳を持つ少年・ノアは、幼い頃に両親を事故で失い、ここへ引き取られた。 　事故の真相を知らぬまま、曖昧な記憶を抱えて日々を過ごす中、施設内で金髪碧眼の少年・アレスと出会う。 やがて二人は、互いの存在だけが息をつける居場所となっていく。 　 　名前を奪われ、未来を奪われた少年たちが求めるのは、ただ一つ―― 　「誰の命令にも従わず、自分の人生を生きること」。 　敵の真の恐ろしさを知って、二人は避けられない戦いに巻き込まれていく。