242年前の離間事変から、世界は三つに分断されていた。 かつてのアナログだけの世界“ソラクア”。 アナログからデジタルに移行していく世界“ユニア”。 そして、デジタルだけの世界“コードノヴァ”。 少年“悠（ゆう）”と“環（たまき）”たちは12歳になった夏休みに、“守紋（しゅもん）”たちと共に、三つの世界を再び繋げた。“歴史”も“本物”も戻ってきたその日は“再生の日”と呼ばれた。 あれから7か月。“ネオコードノヴァ”と呼ばれる世界では、新たに“電子守紋”が現れた。それは、人を守護する古からの“守紋”を抹殺しようとしていた。