考古学者の都築慎吾（ジル）は瀬戸内海、笠岡諸島にある飛島に伝わる村上水軍の謎に興味を抱き外科医の坂井美津子（バル）を連れて訪れることに、飛島は大飛島と小飛島の二島があり大潮の干潮時だけ現れる砂の架け橋によって陸続きとなる、小飛島は無人で祠があるだけの小さな島なのだが岩だらけで船が近づけない、上陸できるのは架け橋が現れる時のみ、大飛島の中腹には奈良時代から平安時代にかけての祭祀遺跡が発見され、おびただしい数の奉献品が出土している、村上水軍にとっても笠岡諸島の中で飛島が重要な地であったようだ、大飛島には漁港と民家が点在している。 連絡船で出会った旅行客五人と仲良くなったジルとバル、飛島に着いた夜、一人の泊り客が転倒し気胸を起こすがバルの応急処置で命を助けられる、ジルとバルそして五人の宿泊客は民宿の女将から不思議な言い伝えを聞くことに、大潮の干潮時に大浦港の近くから、東に砂洲が鳥のくちばしのように小飛島に向かって延び、大飛島と小飛島を結ぶ架け橋を渡り、会いたい人の名前を書いた絵馬とローソクを持って祠に入ると会えるのだという、それと村上水軍の残した謎の古文書がどこかに隠してあると教えられたジルとバルは探しに架け橋を渡る。古文書は祠付近で見つかり古文書の解読に二人は没頭した、村上水軍の財宝と思って欲が出た二人はやっとの思いで洞窟を探し当て、漆の箱を見つけ開けると、時間が戻ってしまった。