突然世界中で激しい地震が起きた。大きく揺れ地面には穴が空き、そしてダンジョンが現れた。 ダンジョンにはあらゆる脅威があったが人類は必死に耐え、抗い、そして克服した。 人類がダンジョンと共生するようになって数十年、高校二年生の大乗直哉はダンジョン探索者に憧れていた。 ダンジョン内で得られる特別な力『スキル』は、おとぎ話に出て来る魔法のような不思議な力。 直哉はおとぎ話のようなその力が欲しくて、ダンジョン探索者となるべくダンジョンギルドの試験を受けに来たのだった。 決して安くない受講料を払い、モンスターを倒して自身が得たスキル・・・それは残機だった。 欲しがった能力では無かったことに落ち込む直哉。 しかし、自分が持つスキルの真の価値を知って、彼は更にダンジョンの奥に進んで行くことになるのだった。