大賢者の能力を宿したまま、赤ちゃんに転生したアリストテレウス。 仲間たちと共に魔剣の行方を追い、 魔剣が封印されていたという海底神殿を目指していた。 だが旅の途中、エルフの少女・リューナと出会い、 聖樹ハイフォードが“動く巨木”によって滅びの危機にあることを知る。 彼らは魔導飛空艇セノグランデ号に乗り込み、 厄災の迫る聖樹へと向かう…!! レウスたちと魔導船がたどり着く先に待つのは、 聖樹の救いか、それとも――。