ドイツ人の14才の小柄な少年「ノア」は、近所に住む同学年の日本人の女の子「詩織」とお城の地下深くに通じる階段を降りてゆくと地底世界へ迷い込んでしまう。そこは約4年前に地上から移住した巨人たちの住む世界だった。軟禁状態におかれるも、飛翔体を奪ってなんとか逃げることに成功。地上の世界へは富山県の立山山麓に出てしまう。日本政府の機密情報に指定され口外禁止の状況の中、陸自のレンジャー部隊と一緒に再び地底世界へ。地上よりも遥か先を行くテクノロジー差に、レンジャー部隊は全滅させられる。この戦闘に巻き込まれ再び捕らわれてしまうノア。日本政府の奪還作戦が始まるも立山山麓の入り口は塞がれてしまうのだった。だが、遠く南極の海では超高速で移動する潜水艦発見の知らせを昭和基地より伝われば、日本が誇る最新鋭の潜水艦3隻による撃沈、拿捕を目的とする極秘作戦が開始される。痛み分けの結果となるもその出来事は今後にも大きな影響を及ぼしてしまう。米国海軍の原子力潜水艦は完膚なきまでに叩きのめされ、南極付近の制海権を取れずにいたところ、立山山麓に別の入り口があることを動画配信しに来た大学生が発見。入り口をふさがれないように、大規模な整備と拡張が行われ、陸自の16式機動戦闘車を含む機械化部隊が地底世界へ・・・日本国と地底世界による本格的な武力衝突が開始されたのだった。