【あらすじ(※後半ネタバレあり)】 2020年、冬。 新作カードゲーム『バニラフレイバー』のベータプレイヤーになってほしいと謎の男から端末を渡された小学6年生の灰雪透(はいゆき・とおる)。 あまり乗り気ではなかったものの、試しに家の冷凍庫にのこされていたバニラアイスに端末を翳してみると、今年の夏に事故死した双子の弟・明(めい)の姿があらわれた…！？ 明の死は自分のせいだと思っている透は、パニックになり端末を投げ壊そうとするが、実行には移せず机の奥にしまいこむ。 春。中学校に進学した透は、クラスメイトの赤輝太陽(あかぎ・たいよう)に声をかけられる。赤輝も謎の男から端末を渡されており、ゲームもプレイしているのだという。 赤輝と『バニラフレイバー』の話をしていく中で、あの時現れた明はプレイヤー(=透)と行動を共にする存在"プレイメイト"だったと知り、(真実は少し違っており後に一悶着あるが、)プレイメイトの"バニラ"と打ち解けた透は、『バニラフレイバー』のプレイを開始する。 赤輝の幼馴染の呉須川瑠璃(くれすがわ・るり)をはじめ他のプレイヤーたちと出会い、バトルや情報交換をする中でさまざまな考え方やプレイメイトとの絆を知っていく透。 だがある日、突如現れた黒衣の少女にバトルを挑まれ、敗北の代償として端末とバニラを奪われてしまう。取り戻しに向かった先で思いもよらない人物と出会い、また『バニラフレイバー』の隠された目的、スケルトン端末の秘密、バニラの正体を立て続けに知らされ衝撃を受ける。 その衝撃の大きさから、探しに来た赤輝たちを一度は拒絶し敵側に付くまでになるが、バトルで説得されなんとか帰ってくることができた。 最初は敵側だったものの、計画の真実を知り透側に付いた黒衣の少女=黒騎獅瞳(くろき・しどう)と共に、透たちは敵の計画を阻止しようと作戦を立てる。 話し合いの末、明の存在が鍵になるのではないかと推測した一同。決戦の朝、透は意を決して端末のインカメラを起動するーー。