千年の時を経て、日本のドーム都市「シティ」で覚醒した男性初の新人類。人類との融合のカギを握る「ノヴァ」の誕生へ向けて、新人類たちの新たなミレニアム計画が幕を開ける。 一方、人工知能プライムが新人類の存在を推測して以来、新人類を人類存続への脅威と見なす北米連邦の権力者たちは、ノヴァ誕生を阻止すべく密かに動き出していた。