第三次世界大戦真っ只中。深刻な人員不足に陥った日本軍は、左目を負傷し、前線を退くことを余儀なくされた優秀な兵士、牙門獣郎少佐に教官として最初の命令を下す。それは、人手不足を解消するため、自己判断で敵味方を区別し、戦闘行為が行えるAI、戦闘用AI「レプラカーン」を育てることだった。