およそ五百年前、突如として惑星アマツチを襲った超巨大寒波は、瞬く間に世界を覆い尽くした。硫化水素を主とする有害な雲の下、生命は住む場所を奪われ次々に死滅していった。わずかに残された人間達は地下へと避難するしかなかった。 そして長い年月をかけて、地下1000～2000メートルに達した人間たちは巨大な地下空間を建設していた。その中には人工の太陽、海、河川、森林があり、かつての地上とほとんど変わらぬ暮らしを手に入れていた。 第二憲兵師団第一班特殊部隊に所属するハバキリ大尉とククリ少尉は、幼い頃にテロリスト集団「テンロウ血盟旅団」による謎の薬物投与実験の被害者となり、皮肉にも常人を凌駕する身体能力を持っていた。彼らはその特徴を生かし、凶悪犯罪やテロリストの撲滅を任務としていた。 そんなある日、壊滅したはずの「テンロウ血盟旅団」が活動を再開する。二人は極秘任務のため、地下都市「ミスマル」へと向かう。