人体の一部を機械に変えられるほどに技術発達した時代、気候異常により世界は雨が降り続いていた。 大陸にある聖グローヴィア国の主要都市アンバー州では、出自によって住居を分けられている。 アンバー出身者は都市区、海外から逃げてきた者たちは移民区にわけられ、差別がまかりとおっていた。十八歳の少年セオは移民出身だが都市区への出入りを許可されており、昼は都市区の学校へ通い夕方は都市区境界にあるネオン街で修理屋を営んでいた。 ある日、セオのもとに救世主と呼ばれる少女ベルナが訪れる。彼女はペットドローンのフクロウ・オウルの修理を依頼しに来た。セオはオウルを修理し、オウルからもベルナからも信頼を得る。 そんな中、過激派信仰教団ＳＰＫが訪れ、セオはベルナを連れて逃げる。彼らはベルナを救世主の偽物と断じ、彼女に天罰を与えようとしていたのだった。