【プロローグ】 　銀和六二(西暦二五七二)年、太陽系からシリウス星系に広がる恒星間国家・神聖月御門帝国の皇孫・アカツキ親王(二四)は、ＡＩ戦艦イザナミにて地球への帰還中、謎の艦隊による攻撃を受ける。 　金髪菫眼の女性衛生科士官・カグヤ少尉(二〇)は、記憶の混濁や異常な知識に困惑しながらも、竜機兵《モビル・ドラグーン》・天雷《アマイカヅチ》を駆り、奇策を用いて包囲網からの脱出を図る。しかし、二人は、直後に発生した時空震に巻き込まれてしまう。 【第一話『殿下と私と水色桔梗の鉄甲船』】 　湖に不時着した天雷。朝霞に紛れて湖賊らが襲撃して来るが、カグヤは驚異的な格闘能力を発揮してこれを撃退する。その際に知り得た情報やアカツキの知識から、二人は、元亀三年九月十二日(西暦一五七二年十月下旬)の琵琶湖に時空転位したことを知る。自責の念に駆られるカグヤであったが、アカツキは、異母兄・ナガスネ親王(二八)との皇位争いやテロの恐怖から逃れられると逆に喜び、「時空流浪を楽しむ」と宣言。塞ぎ込むカグヤを勇気づける。 　そんな中、明智光秀を主とする巨大な鉄甲船が、湖面を滑るように接近して来た──。