高校生の田中ユウは、教室で不可思議な装置を見つける。その装置は時間移動を司るスパイの道具で、ユウは自分が特殊な時間スパイであること、過去に記憶を封印されていたことを未来の自分からのメッセージで知る。彼の任務は、後ろ姿しか見せない謎の時間犯罪者「バックビュー」を見つけ出すこと。新たに転校してきた新井ケンがその正体と疑い、放課後から尾行を始める。 　新井の不自然な動きや影の異変を察知し、追い詰めた先で二人は「時の狭間」という別次元空間へ引き込まれる。そこで、ユウは自らの時間操縦能力を思い出し、装置の力でバックビューの崩れた時間軸を修正。犯人は力を失い逮捕されるが、ユウの戦いは続く。翌日、クラスメイトの佐々木カナと普通の高校生活を送りながらも、時間犯罪者「フェイス」の出現で新たな戦いが始まる。