高校3年生の水野空は、春の始まりに担任から「自分との対話ノート」として青いノートを渡される。友人とクラスが離れ孤独を感じていた空は、転校生・藤沢琉花と出会う。琉花は海洋生物やクラゲが好きで、夢は海洋生物学者になること。空は彼女と交流を重ねるうち、自分の内面の空虚さや将来への不安をノートに綴るが、琉花の前向きな姿勢や夢に触れ、少しずつ変化していく。 　文化祭の「海の写真展」では、空が撮影した琉花の写真が最優秀作品に選ばれ、周囲からも認められる。夏休み、琉花は帰省し、空は一人で海に通いながら自分の進路を模索する。やがて空は、人の心を写真に収めたいという新たな夢を見つける。琉花はアメリカの大学への進学が決まり、二人はそれぞれの夢に向かって歩み出すことを決意する。 　冬休み、琉花は空を自分の故郷の灯台に案内し、海と空が溶け合う景色を見せる。別れが近づく中、二人は写真を通じてつながり続けることを約束。空は琉花との出会いによって自分の世界が色づき、前に進む勇気を得たことを青いノートに記す。彼女が残した「青い足跡」は、空の心に深く刻まれ、彼の未来への指針となる物語である。