中学二年生の赤城茜は、明るくて行動派、怖がりなのに怖い話が大好きなムードメーカー。
ある放課後、クールで理論派の生徒会副会長・一之瀬澪と、ふわふわ天然な霊感少女・白鳥柚葉と共に、学校に囁かれる「旧資料室の七不思議」の調査に向かう。

誰もいないはずの部屋で物が動き、奇妙な気配が蠢くのを目撃する茜たち。
澪は科学的根拠で現象を否定しようとするが、柚葉は霊の悲しみを訴え、茜は直感的に「何かがいる！」と確信する。

やがて、誰もいないはずの場所でランドセルが揺れ、鏡の中に『もうひとりの自分』が映るなど、学校での怪奇現象はエスカレート。三者三様の少女たちは、それぞれの能力と心を合わせ、異変を記録し、解決へと奔走する中で、見えない世界「幽界」が日常のすぐ隣に存在し、その境界線が広がりつつあることを知っていく。

そして、その異変が、ただの霊騒ぎではない、もっと大きなものの始まりであることを予感する――。