フィクションとしての錬金術に憧れながらも、日々の労働に夢や希望を抱くことなく淡々と生きていた直木蔵之介は、異世界の森にて目を覚ます。
　鑑定や錬金術を駆使して森を彷徨う彼は一人の少女と出会い、彼女の命を助けることになる。
　少女からナオと呼ばれた彼は、旅する錬金術師ナオとして第二の人生を歩み始める。