最先端の水耕栽培技術が集うエリート校、陽南水耕学院。しかしその裏では、科学では解明できない不思議な事件が多発していた。 ある日、厳重なセキュリティを誇る研究室から、青く光る奇跡のトマト「ルナ・トマト」が忽然と姿を消す。完璧な密室で起きた不可解な事件に、学院が誇る「探偵部」の３人が挑む。 データと発明品で推理する部長のタカシと、生き物への慈愛からヒントを見つけるリツコ。しかし、二人の科学的な捜査は難航する。事件の鍵を握るのは、学院の管理AI「そい姉さん」と意識を繋ぐことができる不思議な一年生、アキラだった。 「犯人は、人間じゃない――！？」 AIが示すヒントとアキラの直感が、誰も想像しなかった驚愕の真相を指し示す。科学と不思議が交差する、新感覚スクール・ミステリー！