普通の教室。静かな席の後ろで、誰にも話しかけられず息を潜める少年。 ＿彼は、妹を守るために殺し屋になった。 天野零は、虐待と貧困の果てに殺し屋になった高校生。 生きる理由はたったひとつ＿妹の由愛の笑顔を守ること。 かつて所属していたブラック組織「ユグドラシル」から命を狙われ妹を守るために戦っていた零の前に現れたのは、 最強の殺し屋・操真椎菜だった。 彼女が率いる正義の殺し屋組織「ザ・ファントム」と共に少年は新たな生を見つけていく。 罪と正義の狭間で交差する、戦いと祈りの物語。