東條大学農学部教授の七瀬彩都は、自身がオメガ性であることを隠し、絶滅した桜の再生の研究に励んでいる。 そして、彩都の幼馴染みで医学博士の東條宣親は、彩都のために国産初のオメガフェロモン抑制剤の開発を急いでいた。 そんな彼らの前に現れた一人の青年。 神代稜弥と名乗る彼は、彩都の研究に興味があると言い、彩都の研究室で働き始める。 しかし、稜弥が現れてから彩都と宣親の周辺は、不穏な空気に包まれていく。 神代稜弥とは一体何者なのか。そして彼の真の目的は何なのか。 オメガバース創生期、彼らの邂逅の先にあるものは――。