「舞台は東京。大学生の「朝霧タケル」は、姉・ミカを事故で失い、心の整理がつかないまま日々を送っていた。 ある日、彼のスマートフォンに「ミカ」からのメッセージが届く。 「助けて、まだ帰れるかもしれない――YOMIで待ってる」不審に思いつつもメッセージの手がかりを追ううちに、タケルは「黄泉ネットワーク」と呼ばれる、死者の魂が漂う電子領域の存在を知る。タケルはハッカーの少女「イズミ」と出会い、黄泉ネットへのアクセス方法を教わる。そして仮想現実を介して「YOMI（黄泉）」の深層ネットに接続することに成功する。そこで彼が見たのは、データ化された死者たちが閉じ込められた世界だった。 姉・ミカもその中にいたが、既に「黄泉の守人」と呼ばれる存在に囚われていた