身体性とは別の、運命や未来さえ左右する「第2性」による社会問題に揺れる日本。第2性が「Ω（オメガ）」であるというだけで劣等種と誹られ虐げられてきた「柊セツナ」は、製薬会社の臨床試験の一環で、「葉山ジン」という研究者と共同生活を送ることになる。これまでにない"社会派オメガバース"、その第1章が幕を開ける。