特殊な体を持つ子どもたちだけが集まる「学園」。彼らは新しい人類と呼ばれる。古い、従来の人類はマスターと呼ばれ、学園に通う子どもたちは、彼らに仕えるために存在しているという。 学園は閉ざされてる。6歳から18歳までの子どもたちが外界から隔離されて生活し、やがて卒業して外に出て、マスターに仕えるのだ。 主人公はそんな学園で暮らす少女、まどか。彼女は最終学年の生徒で、来年の春には卒業することになっている。そんなある日、学園に転校生がやってくる。転校生は今までになかった存在なので、生徒たちは驚く。 まどかもまた、やってきた転校生を見て驚く。それは美しい顔をした少年だったのだが、自分が夢で見る少年とよく似ていたのだ――。 転校生の名前は四季。まどかと四季、そしてまどかの友人たちである、千早、如月、冬馬はしだいに仲良くなっていく。が、四季にはどこか謎めいたところがあった……。