10000年以上前に落ちた隕石によってこの世界に特異な物質の「魔質」が生まれた。その魔質によって人々は特別な能力に目覚めた。そしてその者たちは能力者と呼ばれるようになり、世界は発展を遂げた。 しかしそんな世界で特別な能力を持たない一般高校生の「月城湊」はある日、黒いローブに追われている血まみれの少女「ネア」と出会う。 彼女の助けを呼ぶ声に感化された湊は彼女を助けることを決意する。 その彼女を助けるため、そして昔、湊の身に起きた事件の真相を知るために、能力者や異界から来る者の対処を行う組織《超常事件対策機関　SEA》に所属することを決める。そこでたくさんの事件に巻き込まれながら湊はどのような結末を迎えるのか。 これは力なき少年が、“誰かを守る”ために選び取った戦いの記録である。