人類が宇宙に進出し、人型兵器クレイドールが実戦に導入された世界。 宇宙では、先の戦争に敗れた帝国残党勢力としてゲリラ活動を繰り返していた。 帝国の皇女ローザに仕えるメイドのエリスは、同時に、帝国親衛隊の隊長であり、クレイドールのパイロット――アレフとして活動していた。 「拡張身体」の理念のもと開発された最新鋭クレイドール《フレイヤ》を駆り、今日も彼女は宇宙を駆ける。 いつか、自分たちが穏やかに暮らせる居場所を築けることを祈って。