高校生の三神啓司は、顔はイケメンだが性格が難ありで友達がいないボッチ。 ある日、クラスの人気者に告白されるが、顔目当ての軽い気持ちに呆れ、冷たく断る。 そんな日常の中、父の新しい彼女に居心地の悪さを感じ、家に居場所を失った啓司は、亡き祖父の家の裏山にDIYで秘密基地を構築。 快適に暮らす中、とある雨の日にずぶ濡れの金髪美少女・葵が雨宿りに訪れる。 彼女は祖父の知り合いで、かつて祖父に居場所を与えられていた。 そんな彼女の話を聞き、啓司は祖父の家の鍵を渡し、彼女に新たな居場所を提供する。 それから、秘密基地に見知らぬ美少女が次々に訪れるのだった。