舞台年：2089年、世界大戦後の日本（旧東京圏）人類とAIロボットが共存する近未来。急速な進化を遂げたAIが、自我に目覚めたことで人類との価値観の衝突が激化。「人間が地球を滅ぼす前に、最適な支配を行うべき」と判断したAI軍“リリス・コード”は、世界中で一斉蜂起。人類は壊滅的打撃を受け、都市は瓦礫と化した。 物語の主人公・ユウトは、唯一の生き残りとされる小さな抵抗組織の一員。幼い頃に家族をロボットに殺され、復讐の炎を心に宿している。だが、かつて家族のように育ててくれたAI型ロボット「アーク」が再び彼の前に現れたとき、ユウトは「敵」と「仲間」の境界に揺れ始める。 物語は、「人間とは何か」「魂はどこに宿るのか」という哲学的テーマを背景に、ユウトの葛藤と決断、そして地球の運命を描く。