舞台はネオサイタマ、マルノウチ・スゴイタカイビル。そこで始まってしまったザイバツとアマクダリの2大ニンジャ組織の大イクサ!クリスマスに賑わう街は、モータルの命が無惨に散るマッポーカリプスめいたジゴクと化してしまった。その地獄をさらなる業火で包むように、各々の組織のトップ、ダークドメインとフューネラルがまっこうから激突!先制をとったのはフューネラル。そのマントから溢れ出させた蛍光色彩の蝶々めいた塊ををもってダークドメインを包み、さらにダークドメインを締め上げんと極彩色の巨大ムカデを出現させた。手を緩めることなく奇怪極まりない奇妙で派手なゲン・ジツを繰り出すフューネラル。だが対するダークドメインは気にすることなくフューネラルに近づき、その手にしたアンタイ・ウェポンでフューネラルをなんなく撃破、カイシャクしてしまった。一方、イクサ場から遥か地下深くではシルバーキーがナラクの力を解放し、ニンジャスレイヤーの力とすべく、目の前に現れた禍々しい扉を開け放つ。そこより飛び出したモノはニンジャスレイヤーを覆った。気がつくとニンジャスレイヤーは、太古の昔から現代に至るまで、ニンジャに殺された力無き人々の怨みの数々を見せられていた。それらにはニンジャスレイヤー=フジキドの家族のモノも……。果たしてニンジャスレイヤーは、再びナラクの力を己のモノとできるのか?冷酷非情なニンジャ、ダークドメインとのイクサは??