中学1年生の大鳳鷹志は、家族でアフリカへ移動中、飛行機事故により海に落ちてしまう。そこを偶然通りがかったファントムに救出されるが、鷹志が保護されたのは、カークランド公国軍と戦争中のマンマルーク王国軍の空母だった。さらに鷹志は機密事項を知ってしまった事で、戦争が終わるまで家には戻れないと言われ、途方に暮れる。そんな鷹志の後ろ向きな態度に嫌気がさしたファントムは、衝動的に鷹志を殺そうとするが、ゲームであればファントムにも負けないという鷹志の言 葉に興味を持ち、突如鷹志を自分の戦闘機に乗せる。そのゲームは、目隠しをした状態のファントムに鷹志が指示し、無事に空母まで戻る事ができれば、鷹志の勝ちというものだった。困惑する鷹志だったが、そこに敵の戦闘機が現れ、鷹志達の戦闘機は墜落しかけてしまう。どうにかして生き延びたい鷹志は、以前ゲームで得た知識を活かしてファントムのサポートに成功。2人は無事帰還する。そして鷹志の腕を見込んだファントムは、なんと鷹志を、自分の副操縦士にしたいと言い出す。こうして鷹志とファントムは、ペアを組んで戦場に出る事となる。