魔法と科学が融合した近未来都市に存在する、選ばれし若者が集う学園「星詠みのアカデミア」。そこでは、古代から伝わる「星詠みの力」を現代の技術と組み合わせ、「元素魔法」として扱う方法を学んでいた。主人公、ソラは、幼い頃に両親を謎の事故で失い、星詠みの力は全く開花しない落ちこぼれとしてアカデミアに入学する。しかし、入学式の夜、学園の地下深くで起こった異変をきっかけに、彼の中に眠る未知の力が覚醒し始める。それは、既存の元素魔法とは全く異なる、世界の理を覆す可能性を秘めた力だった。