未知の生命体・イドラに脅かされるニューヨーク。事故で両足の自由を失い、姉と共に生活する少年・イリヤは、対イドラ用生体兵器のパイロットに志願する。だがそれは、ふたりの過酷な戦いの始まりだった…。