지구의 탑을 오르던 헌터 이성준은 마왕을 처단하는 데 실패하고 죽음을 맞이한다. 지구 역시 마왕을 제때 저지하는 데 실패하고 종말을 맞는다. 하지만 성준은 탑의 [시스템]에 의해 인류 최초로 마지막 층 등반에 성공한 공로로 시간선을 거슬러 지구 이전에 마왕에게 멸망당했던 또 다른 세계 엘하임으로 전이할 기회를 얻고, 이클란 왕국에서 갓 죽은 소년 알렌의 몸 속에서 깨어난다. 이후 레지오 성국의 가말리엘 신학교로 진학하게 된 알렌은 [시스템]의 도움을 받으면서 엘하임을 구원할 교황 후보를 찾아 나선다.