東京の桜花カフェは、女子高生スパイチーム「SAKURA」の秘密基地。ハナのドタバタ、ユキの毒舌、ミオのクールな狙撃で、普段はケーキ作りや恋バナで大盛り上がり！ でも裏では、次元移動装置「シフトコア」で別世界の危機に挑む。 今回の任務は、時間軸が崩れるパラレルワールド「ネオ・トーキョー」。敵組織「エクリプス」の時間兵器「クロノ・コア」を奪うため、なぜかビキニで突入（！？）。銃弾とケーキが飛び交う中、敵リーダー・レイラがハナの過去を暴き、ミオに裏切り疑惑が。 笑いと涙、汗と血のスパイアクション！ 3人の絆は、時間の歪みを打ち破れるのか？