「お兄ちゃん、ずっと、好きだったよ。」 ──その一言で、世界最強の兵器が目を覚ます。 2049年、日本は国際的孤立の中にあった。遺伝子技術で生まれた特殊な子供「イーロン」たちは、卒業と共に国家の管理下に置かれる運命にある。 北海道名寄市で暮らす結花は優秀なイーロンだが、一般生徒の義兄・祥吾への想いを抱いていた。一方、同級生のイーロン・杏は祥吾に興味を示し、人型兵器MPGでの模擬戦を挑む。 そんな中、結花の父・英明が開発する秘密兵器の存在と、迫りくる国外勢力の脅威が明らかになる。バレンタインデーの朝、謎の敵部隊が名寄を襲撃。家族を、友人を、そして愛する人を守るため、少年少女たちは鋼鉄の巨人と共に立ち上がる。