平安の世から千年の時を超え現代へ、囲碁をこよなく愛する少年、鷺若丸(さぎわかまる)が迷い込んだ。 　伊那高囲碁部、唯一の部員、ステラに助けられた彼は、恩を返すため、彼女の夢である団体戦出場を叶えるべく、メンバー集めに乗り出す。 　そんな彼の前に二人の女子生徒、半人半妖の雪女、雪花(せっか)と陰陽師、天涅(あまね)が現れる。雪花は自身が信奉する謎深き土地神、漆羽鬼神(うるしばきじん)のために暗躍しており、天涅と激しく対立し合っていた。そんな二人と関わり、それぞれの抱える事情を知るうちに、鷺若丸は漆羽鬼神の「大いなる計画」を中心とする騒動に巻き込まれていく。 　どうにかチーム結成にこぎつける鷺若丸だが、その胸中には元の時代に残してきた宿敵の存在が燻っていた。過去に戻る努力を保留し、寄り道をしている現状に葛藤する。そんな彼に、「鷺若丸が現代に来たことでみんなの縁が繋がった。これにはなにか意味がある」とステラは語る。 　そして迎えた大会当日の朝、ステラが漆羽鬼神にさらわれてしまう。救出に向かった鷺若丸は、漆羽鬼神の正体が宿敵の成れの果てと知り、ステラの身柄を賭けた千年越しの対局に挑む。 　ステラたちに入れ込む鷺若丸へ、「自分だけを見ろ」と積年の思いをぶつける漆羽鬼神。窮地に立たされる鷺若丸だったが、「彼女らとの縁が自分の囲碁を高めてくれる」、「自分の囲碁で、彼女らの物語を一つに繋げる」という考えを盤上に表し、漆羽鬼神を圧倒する。 　一方、雪花と天涅はステラを欠いた状態で大会に臨み、彼女の帰還を待ちながら一敗もできない戦いを続けていた。それぞれの思いを胸に特訓の成果を発揮するも、いよいよ追い詰められた最終戦。そこに解放されたステラが駆け付ける。鷺若丸の一局から天啓を受け覚醒した彼女は見事、チームを勝利へと導いた。 　かくして大会は無事に終わり、事態は収まった。鷺若丸は現代で縁を広げ、更なる囲碁の高みを目指すと誓う。