遥か昔の日本で繰り広げられていた、忍者たちの戦いの中で、突如現れた「蝦夷流絡繰忍法」という忍術を使うAIくノ一アンドロイド忍者集団、「カラクリ忍者」その忍者たちはものすごい戦闘力と、知能を兼ね備え、他の流派たちを圧倒していた。そんなある日、甲賀流の若頭の一人である、ナオキという少年が戦いの末、崖から転落しかけたが、カラクリ忍者の一人である、美少女アンドロイドくノ一のユリに助けられる。そこで、ナオキはカラクリ忍者の良さを知り、ユリに恋をしてしまった。そんなことがある中、他の忍者は、カラクリ忍者に対抗すべく、忍者の三大流派である、伊賀流・甲賀流・戸隠流が手を結び、カラクリ忍者を倒そうと試みた。しかし、そんな戦いの中、地獄の門が開いてしまい、そこから数多の悪霊や妖怪、鬼たちが地上に降りてきてしまった。そこで、カラクリ忍者も手を結び、何人もの犠牲を出しながら、妖怪たちを倒して、戦いのない平和な世を手に入れることとなる。