近い未来、人類は異星生命体「ネクサス」の脅威に脅かされていた。 最終防衛ラインである「機動戦術特化少女部隊（通称：レリックズ）」が出撃するも全滅。 人類は敗北した。 しかし、比良坂イオリ（ひらさか いおり）は、人智を超えた謎の存在と契約し、“一度だけ”世界をやり直す力を得る。 ただし、その代償として「人間としての形を捨てること」を条件に——。 ループし、死に物狂いの戦いで少女たちと人類を救ったイオリだったが、 すでにその身体は―—人間のものではなくなっていた。 それを知った少女たちは、それぞれ大きな罪悪感を背負い、イオリを支えようとするのだが……。