3450年人類は、窮地に立たされた。惑星アカトシュを奪われ、宇宙大帝国ヌーンに敗北した人類サピエンス連合は、特別宇宙忍者部隊ギギンバを立ち上げ、宇宙大総統ギガヌーン暗殺を試みる…しかし、そこには多くの試練が…