時は江戸時代末期。西洋から流れ込んできた知識の影響で、日本の神に対する信仰心は揺らいでいた。神は人間の信仰なしには存在できないため、小さな神たちは消滅の危機に瀕していた。そんな弱小神のうちの一柱・小夜由良玉結比売命（小夜姫）（さよゆらたまむすびのひめのみこと）は、消滅を避けるため、自身の信奉者を増やそうと躍起になっていた。ある日、小夜姫は狭宮（さみや）藩藩主の十男・土川清治（ひじかわ　きよじ）に目をつけ、彼を藩主にする代わりに自身と契約結婚し、自身を信仰するよう迫る。しかし清治は藩主になどなりたくなく、気ままに生きていたいと言う。焦った小夜姫は結婚しないと天変地異を起こし、藩を壊滅させると脅す。開明的な考えを持つ清治は藩の存続などどうでもいいと話すが、災いを起こされては敵わないと思った清治は、しぶしぶ結婚を承諾する。しかし、実際のところは小夜姫に災いを起こす力などなかった。そのことを知った清治は、小夜姫になぜ存在し続けることにこだわるのか問う。小夜姫は自身の過去を話し始め——。 激動の時代の中で揺れ動く、神と人との関係を綴る物語。