２００年前、地球外生命体の存在が明らかとなった。 地球の平和を守るため、国際機関「地球外生命体専門対策局」が発足、地球外生命体専用の戦闘機「ブループロテクト」が開発された。 ブループロテクトの管制官・逢坂せつなは、同期兼上司の久我碧志やトラブルメーカーなパイロット・穂浪泰介に振り回される日々を過ごしていた。ある日、「人間と仲良くなりたい」と言う謎の地球外生命体・ミッシュを穂浪が拾ってきてしまう。久我の提案で、ミッシュを利用した地球防衛計画を企てるが……