【第1部】 ある日の夜、遠くの都市で謎の爆発が発生した。一人暮らしをしていた高校生のとごにゃんは、親友で独自の研究を行っている将希(マサキ)から送られてきた爆発直後の都市の写真を見て、調査に向かうことを決意する。