高校へ進学した水無瀬透は、入学式の直後に自殺を図るも、ある1人の女子生徒に邪魔をされ失敗に終わってしまった。 高校生活が始まり早くも孤立し、クラスメイトからの視線を疎ましく思っていると、クラス委員・絹沢真白から図書委員会への加入を頼まれる。渋々承諾した透はもう1人の図書委員・影山沙夜と共に昼休みや放課後に活動することに。 ポジティブ思考で活動的な真白と、儚げで物静かな沙夜。二人の少女との出会い、そして他者のエゴが、透の価値観を少しずつ変えていく。 しかしそんな彼女らも、胸の内にはそれぞれの"ヤミ"を抱えていたのだった。