雨の日にだけ「透明」になってしまう時雨秀は雨が降ると他者から認識されなくなり、孤独な日々を送っていた。ある日、同じく雨の日に「雨粒の記憶が見える」少女・雨宮しずくと出会い、二人は互いの特異な体質を語り合う。二人は図書館で見つけた謎の本『雨宿り理論』を手がかりに、自分たちが「アマヤドラー」と呼ばれる存在であり、雨にまつわる時間や記憶の力に巻き込まれていることを知る。 　やがて二人は、雨の力を研究する雨森博士と対峙。博士は彼らを「後継者」とし、雨の時間情報を操作する壮大な実験に巻き込もうとする。博士の計画を阻止するため、時雨としずくは雨粒の記憶を遡り、博士の過去に干渉して歴史を改変することを決意。二人は博士の事故を防ぎ、雨の研究そのものをなかったことにすることで、自分たちの「特別な力」も消失する。 　全てが元に戻った世界で、時雨は普通の高校生として再びしずくと出会う。二人は互いの記憶を失っているが、どこか懐かしい感覚を共有し、新たな友情を育んでいく。雨はただの気象現象に戻ったが、二人にとっては「新しい物語」を紡ぐきっかけとなる。