十七歳の橘遥は、「雨の日にだけ存在する」特異な高校生。雨が降ると世界の時間が止まり、彼だけが自由に動ける「レインコード」の世界が現れる。ある日、同じく雨の日だけ現れる少女・星野詩音と出会い、二人は不思議な図書館で未来の本や時空のメッセージを目にする。雨粒が発光し、時間の流れがさらに遅くなる異変の中、未来の自分と名乗る男性が現れ、二人の「青春エネルギー」が時空に歪みをもたらしていると告げる。 　時空管理局から「現実世界に戻る」か「雨の世界に観測者として残る」かの選択を迫られ、遥と詩音は苦悩する。観測者になれば人間性を失い、現実に戻れば雨の日の記憶や特別な力を失うという厳しい条件の中、二人は「普通の青春」を選ぶことを決意。雨の世界での思い出を手放し、現実世界に帰還する。 　現実に戻った遥は、記憶を失いながらも、転校生として現れた詩音に強い既視感を覚える。二人は自然と惹かれ合い、雨の日も晴れの日も共に過ごす日常の美しさに気づいていく。やがて恋人同士となり、かつての「特別な雨の日」の記憶は夢のように心の奥底に残るだけだが、現実の中で過ごす日々こそが本当の青春だと実感する。 　物語は、雨上がりの虹や夕暮れのカフェ、何気ない会話や手をつなぐ瞬間など、普通の日々の輝きを描きながら、「現実を生きること」の尊さを静かに讃えて幕を閉じる。雨の日も晴れの日も、すべてが青春の一部――二人は新しい季節を歩み始める。