長閑な町の山の手にポツンと佇む万叶（まんよう）神社。 敷地内の池には、人々の願いを叶えると言い伝えられている万叶神（まんようしん）が住んでいる。しかし現在、池は土と化していた。果たして、万叶神はここに存在するのだろうか？ 神社の娘であり巫女の叶鈴音（かのう・すずね）は、思わぬ出来事で再会した、高校時代の先輩である出雲志貴（いずも・しき）を巻き込み、すっかり寂れてしまった万叶神社を、昔のように立派な神社に再興させようと奔走するのだが!?